Als Integrierte Sekundarschule (ISS) mit gymnasialer Oberstufe bietet die St. Franziskusschule das Abitur nach 13 Schuljahren an.
Für das Schuljahr (2015/16) wurden erneut drei 11. Klassen eingerichtet. Als neubeginnende Fremdsprache (ab Klasse 11) bietet die Franziskusschule Spanisch an.
In der E-Phase (11. Jahrgangsstufe) findet der Unterricht im Klassenverband und in Wahlkursen statt. Der Unterricht im Klassenverband wird als Fundamentalbereich bezeichnet. Der Kursunterricht besteht aus klassenübergreifenden Wahl- und Basiskursen. Im Fundamentalbereich stehen die Fächer, in denen Unterricht erteilt wird, für alle Schüler / -innen gleichermaßen verbindlich fest. Gewählt werden kann also nur im Bereich der Wahl- und Basiskurse.
Bei den Wahlpflichtkursen konnte im Schuljahr 2015/16 aus den folgenden beiden Kursschienen gewählt werden:
| Kursschiene 1: | Deutsch | Englisch | Mathematik | Biologie | Physik |
| Kursschiene 2: | Politische Weltkunde | Geografie | Geschichte | Bildende Kunst | Chemie |
Für weitere Informationen zur Einführungs- und Qualifikationsphase:
